Pesantren, Madrasah Diniyah, dan Lembaga Pendidikan Quran, merupakan lembaga non formal yang paling terdampak dengan adanya pandemi ini. Pendidikan yang dilakukan dengan mengedepankan uswah ini tentu tidak bisa terwakili dengan daring atau pendidikan jarak jauh. Karenanya, edukasi yang diberikan kepada Santri Husada sangat penting, karena peran Santri Husada, atau yang biasa disebut Kader Kesehatan remaja dibentuk dengan tujuan dan upaya Proventif dan Promotif Kesehatan. Salah satu tujuannya untuk menjaga masyarakat Pesantren dan masyarakat sekitar agar angka masyarakat sehat terjaga dan semakin meningkat kualitas dan kuantitasnya.
Karena ini pula, selama masa pandemi sejak Maret 2020 PD Pontren Kemenag Kota Malang melakukan kerjasama lintas sektoral dengan Dinas Kesehatan maupun Satgas NU Peduli Covid 19. Berbagai kegiatan dilakukan untuk menekan penularan di kalangan pesantren. Selama kurun 2020 telah dilakukan tiga kali pelatihan Santri Husada bagi seluruh pesantren di Kota Malang.
Ketua Satgas NU Peduli Covid 19 dr. Syarifah Syifa Mustika al-Haddar mengatakan bahwa tujuan pertama pelatihan terus menerus dan pendampingan ini adalah karena saat ini era pandemi, tim kesehatan berkepentingan untuk ikut serta memberi edukasi kepada Santri Husada atau kepada masyarakat yang ada di pondok pesantren, karena beberapa kasus itu memang ada klaster di pondok pesantren.
Bersama Dinas Kesehatan, Kemenag Kota Malang juga beberapa kali mengadakan penguatan kader Santri Husada baik dengan pelatihan di Dinas Kesehatan maupun dengan melakukan tinjau langsung ke Pesantren. Kerjasama dengan Dinas Kesehatan, telah dilakukan Seksi PD Pontren sejak tahun 2016, bahkan pada tahun 2019 PD Pontren bersama Dinas Kesehatan berhasil menghantarkan Pesantren al-Munawarah sebagai juara 3 POSKESTREN tingkat Jawa Timur.
Keberadaan Pesantren di masa pandemi ini memang ada pada posisi sulit, metode pendidikan yang tidak mungkin dilakukan dengan daring, menuntut pesantren tetap mengumpulkan semua santri dalam satu asrama, sementara upaya menutup akses keluar masuk santri maupun guru juga tidak mungkin karena tidak jarang pesantren dengan para guru yang bermukim di luar pesantren. Dengan kondisi ini, maka keberadaan Santri Husada Insani menjadi sangat penting dan menjadi garda terdepan dalam mitigasi penularan penyakit menular.
Sebagai bentuk upaya peduli kesehatan ini pula, dalam Hari Amal Bakti Kemenag ke 75, PD Pontren mengadakan lomba cipta video sosialisasi protokol kesehatan yang dimenangkan TPQ Tahfidz Darussalam yang hadiahnya telah diserahkan pada senin 22 Maret 2021
