Departemen Agama adalah departemen perjuangan, kelahirannya tidak dapat dipisahkan dengan dinamika perjuangan bangsa. Pada saat bangsa Indonesia berjuang mempertahankan kemerdekaan yang baru saja diproklamirkan 17 agustus 1945, maka berkat usulan dari para Anggota Komite Nasional Indonesia Pusat, agar urusan Agama tidak ditangani secara sambilan maka dipandang perlu dibentuk Kementerian Agama, sekitar 5 bulan kemudian tepatnya tanggal 3 Januari 1946 lahirlah Kementerian Agama dengan Penetapan Pemerintah Nomor 1/SD Tahun 1946. Berdasarkan penetapan Menteri Agama Nomor: 6 Tahun 1956, tanggal 1 Maret 1956 maka tanggal 3 Januari 1946 ditetapkan sebagai hari “berdirinya Departemen Agama RI”. Pada peringatan ulang tahun Departemen Agama ke 34, tanggal 3 Januari 1980 peringatan tersebut diubah sebutannya menjadi “Hari Amal Bhakti Departemen Agama” disingkat “HAB Depag” dengan motto “IKHLAS BERAMAL”. Sejarah awal sebelum terbentuknya nama Depertemen Agama Kota Malang menurut KMA nomor 6 tahun 1977 yang ditindaklanjuti dengan KMA nomor 45 tahun 1981 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Agama, Kantor Departemen Agama Kabupaten/Kota dan Balai Diklat Pendidikan Teknis Keagamaan. saat itu jauh sebelumnya Departemen Agama telah mengalami beberapa pergantian nama mulai dari nama Kantor Kepenghuluan Kabupaten dan selanjtnya berubah lagi menjadi Kantor Urusan Agama Tingkat II. Hal ini berdasarkan KMA nomor 47 tahun 1963 tentang perencanaan Organiisasi dan Tata Kerja Departemen Agama. Dan terakhir pergantian nama hingga saat ini menjadi Kementerian Agama Kota Malang terhitung mulai tanggal 28 Januari 2010 sesuai dengan PMA nomor 1 tahun 2010 tentang perubahan Penyebutan Departemen Agama menjadi Kementerian Agama. Mengawali kegiatan perkantoran pada Tahun 1981 Departemen Agama Kota Malang menempati di jalan Arismunandar nomor 35. (saat ini difungsikan sebagai Rumah Dinas Kepala Kantor) dan baru pada tahun 1987 pindah tempat hingga saat ini menempati perkantoran di Jl. Raden Panji Soeroso No. 2 Malang.