Kegiatan pembelajaran kelas XII di MAN 1 Kota Malang telah selesai sejak pertengahan bulan Februari tahun 2020, yang kemudian dilanjutkan dengan berbagai persiapan ujian, baik ujian kelulusan amupun ujian masuk perguruan tinggi. Adanya pandemi covid-19 menyebabkan segala proses persiapan ujian maupun pelaksanaan ujian dilakukan secara daring. Namun, hal tersebut tidak mengahalangi antusias para siswa dalam mengikutinya.
Berpedoman pada Surat Edaran Dirjen Pendis Nomor: B-298/Dj.I/PP.00/02/2021 tentang penyelenggaraan kelulusan dan kenaikan kelas di Madrasah serta Surat Edaran Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Timur Nomor: B-2355/Kw.13.2.1/4/2021, maka pada hari Senin 3 Mei 2021 kelas XII menerima pengumuman serta berkas kelulusan. Jumlah siswa yang menerima pengumuman serta berkas kelulusan sebanyak 356 siswa, yang terdiri dari jurusan IPA, IPS, Bahasa, dan Agama. Ke-356 siswa tersebut dinyatakan “Lulus 100%”.
Dalam proses pembagian berkas kelulusan tersebut, dibagi menjadi lima sesi dengan tetap mematuhi protokol kesehatan. Hal tersebut tentu menyesuaikan dengan keadaan pandemi covid-19 yang saat ini masih terjadi. Pembagian berkas kelulusan dilakukan oleh masing-masing wali kelas di ruangan-ruangan yang sudah ditentukan dengan protokol kesehatan. Sesi pembagian tersebut dimulai pukul 08.00 WIB sampai 13.00 dengan durasi satu jam di setiap sesi.
Selain itu, madrasah juga mengimbau kepada para siswa kelas XII untuk tidak melakukan perayaan kelulusan dengan mencoret-coret baju, berkonvoi atau hal negatif lainnya. Oleh karenanya madrasah bekerjasama dengan orang tua siswa untuk tetap melakukan pengawasan dan kontrol terhadap putra-putrinya. Hal tersebut terlihat pada beberapa siswa yang diantar dan ditunggu oleh orang tuanya selama proses pengambilan berkas kelulusan.