Pemerintah telah menjalankan program reformasi birokrasi nasional sejak tahun 2010. Hingga saat ini pelaksanaan reformasi birokrasi nasional telah memasuki tahap kedua yang ditandai dengan disusunnya Road Map Reformasi Birokrasi 2015-2019 melalui PERMENPAN No. 11 Tahun 2015. Dalam Road Map tersebut ditetapkan 3 (tiga) sasaran dan 8 (delapan) area perubahan reformasi birokrasi 2015-2019.

Ketiga sasaran Reformasi Birokrasi adalah 1. Birokrasi yang bersih dan akuntabel; 2. Birokrasi yang efektif dan efisien; serta 3. Birokrasi yang memiliki pelayanan publik berkualitas. Ketiga sasaran tersebut juga ditetapkan target 2019 pada masing-masing indikator.

Untuk mewujudkan ketiga sasaran reformasi birokrasi sebagaimana disebutkan di atas, ditetapkan area perubahan reformasi birokrasi. Perubahan-perubahan pada area tertentu dalam lingkup birokrasi diharapkan menciptakan kondisi yang kondusif untuk mendukung pencapaian tiga sasaran reformasi birokrasi.

Kementerian Agama sendiri telah memulai proses Reformasi Birokrasi sejak tahun 2009 melalui Keputusan Menteri Agama Nomor 153 Tahun 2009 tentang Reformasi Birokrasi Departemen Agama. Kemudian tahun 2010 reformasi birokrasi di lingkungan Kementerian Agama telah dilaksanakan dengan ditetapkannya Road Map Reformasi Birokrasi Kementerian Agama 2010 2014. Road Map Reformasi Birokrasi Kementerian Agama 2010 2014 telah disusun sesuai dengan Peraturan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi Nomor 20 Tahun 2010 tentang Road Map Reformasi Birokrasi 2010 2014.

Kementerian Agama Kota Malang tahun 2020 ini berupaya melakukan reformasi birokrasi dengan menjalankan 8 area perubahan reformasi birokrasi menuju predikat Zona Intregitas Wilayah Bebas dari Korupsi pada tahun 2021.

Area perubahan reformasi birokrasi tersebut adalah

1. Manajemen Perubahan

Mengubah sistem, pola pikir dan budaya kerja menjadi lebih baik yang sesuai dengan tujuan dan sasaran Reformasi Birokrasi

2. Penataan Peraturan Perundang-Undangan

Meningkatkan efektivitas pengelolaan peraturan perundang-undangan yang dikeluarkan/diterbitkan Kementerian Agama RI

3. Penataan dan Penguatan Organisasi

Meningkatkan efisiensi dan efektivitas organisasi di Kementerian Agama Kota Malang secara proporsional sesuai dengan kebutuhan, sehingga organisasi menjadi tepat fungsi dan tepat ukuran (rightsizing)

4. Penataan Tata Laksana

Meningkatkan efisiensi dan efektivitas sistem, proses, dan prosedur kerja

5. Penataan Sumber Daya Manusia

Meningkatkan profesionalisme SDM aparatur di Kementerian Agama Kota Malang yang didukung oleh sistem rekrutmen dan promosi aparatur berbasis kompetensi, transparan serta memperoleh gaji dan bentuk jaminan kesejahteraan yang sepadan

6. Penguatan Akuntabilitas Kinerja

Meningkatkan kapasitas dan kapabilitas kinerja birokrasi di Kementerian Agama Kota Malang

7. Penguatan Pengawasan

Mewujudkan pemerintahan yang bersih dan bebas KKN seperti tertulis pada undang-undang nomor 28 tahun 1999

8. Peningkatan Kualitas Pelayanan Publik

Memberikan pelayanan yang lebih cepat, lebih murah, lebih mudah, dan lebih berkualitas