Salah satu lembaga pendidikan yang sangat terdampak dengan wabah covid ini adalah Pesantren. Metode pendidikan dan pembinaan santri yang selalu berkerumun menyebabkan tingkat penularan sangat tinggi terlebih bila komunitas pesantren masih ada yang memiliki mobilitas tinggi keluar masuk pesantren. Ketua Satgas Peduli Covid NU Malang Raya, Dr. Syifa Mustika al-Haddar menyatakan: "sebenarnya komunitas pesantren merupakan tempat yang paling aman bagi penularan covid bila mereka mengisolasi diri dari dunia luar, tidak ada komunitas pesantren yang keluar masuk pesantren."
Namun saat terjadi pergerakan santri yang mudik liburan bulan puasa dan kembali ke pesantren di bulan syawal merupakan saat yang sangat rentan terjadinya penularan, baik saat berinteraksi dirumah maupun diperjalanan. Rabithal Maahidil Islamiyah yang menjadi organisasi pesantren-pesantren se Indonesia dibawah naungan NU, menyatakan; tercatat beberapa laporan santri yang mudik ternyata terpapar saat proses pemulangan dari pesantren sebelum hari raya lalu.
Dalam rangka menghindari munculnya klaster pesantren di Kota Malang pasca santri kembali dari rumah ke pesantren, Kantor Kementerian Agama Kota Malang menerbitkan surat himbauan kepada pengasuh dan pengurus pesantren berkaitan dengan pengembalian santri ke pesantren. Surat himbauan yang ditanda tangani langsung oleh Kepala Kantor Kementerian Agama Kota Malang, DR. Muhtar Hazawawi M.Ag ini berisi beberapa point upaya menghindari penularan dikalangan pesantren, diantaranya:
- Mempersiapkan ruang isolasi bagi santri yang kembali dari rumah ke pesantren.
- mengembalikan santri secara bertahap sesuai kecukupan ruang isolasi dengan memastikan santri yang kembali telah benar-benar sehat.
- Mewajibkan santri yang datang dari rumah membawa surat keterangan hasil non reaktif rapid test/swab antigen.
- Menganjurkan agar wali santri mengantar sendiri anaknya ke pesantren dengan tidak menggunakan kendaraan umum dan menghindari berhenti ke suatu tempat/kerumunan pada saat perjalanan kembali dari rumah ke pondok pesantren.
- Menyiagakan santri husada disetiap kemungkinan terjadinya penularan wabah.
- Mengaktifkan pos kesehatan pesantren dengan senantiasa berkordinasi dengan Seksi PD Pontren dan Dinas Kesehatan/puskesmas setempat
Muhtar berharap surat himbauan ini menjadi pedoman bagi pesantren-pesantren di Kota Malang dalam menerima/memulangkan santri dari rumah ke pesantren, agar kegiatan belajar mengajar tafaqquh fiddin bisa dilakukan secara normal tanpa ada gangguan wabah.